在大明各地水利建设如火如荼进行的同时，遵照朱由检的指示，各府州县城市治理也在全面展开。
朱由检对后世每逢雨季时，很多城市就会出现不同程度内涝的情景印象深刻，对于因连续强降雨而导致城市居民人身和财产受到巨大损失也是痛心不已，现在这个世界既然自己手中握有掌控天下的权利，那就应该对此作出力所能及的改变。
虽然他对如何防止城市内涝一窍不通，但这并不妨碍他能拿出相应的对策来。
于是，在崇祯二十年时，内阁根据他的授意行文天下，要求各地官府上报所在地有效防范内涝的规划和措施，朝廷会优中选优，根据各方上报的方案进行汇总，并形成最终的解决办法。
在内阁行文发出后的半年内，各地官府陆陆续续五花八门的方案和措施报到京师，孙传庭等内阁成员召集工部堂官及有司专业人士，在经过悉心筛选和商讨后，挑出数套方案后入宫呈送至御前，供朱由检御览定夺。
君臣在昭仁殿专门就此事进行了会商。
内阁形成的文案中，首先将发生内涝的原因一一列举了出来，其原因大致为以下几点。
第一，经常发生内涝的城市都是建在低洼地以及滞洪区，因为地势太低的缘故，每逢当地暴雨不断，洪水向地处流动，所以城市很容易便会被淹。
而与之相反的是，地势比较高的地区不容易形成积水。
例如苏州、无锡等老城虽然是水乡城市，但是因为老城都选择地势比较高的地区，所以不怎么容易形成积水。
其次，排水系统不完善，排水石槽、干沟、排水洞修建的太少，或者因缺少专业定期维护的原因而导致其发生堵塞淤积，导致积水无法迅速排出。
再次，城市中植被稀疏、水塘较少或根本没有，无法储存大量雨水，从而因“汇水”的现象形成大面积积水。
内阁在汇总各地官府上报本地相关措施时，对广州府和赣州府上禀的情况产生了浓厚地兴趣，孙传庭特意将两地官府的奏报呈送给朱由检，并表示，内阁已对上述两城的规划进行了充分研究，准备在制订城市防范内涝总体方案里予以借鉴。
据广州府和赣州府上禀的情况来看，从地方志上来看，数百年来，两城从未发生过规模较大的内涝，这一切都得益于前宋修建的相关设施。
例如广州，为了有效防范城市内涝，数代主官都在这上面费尽苦心，在历时十几年后，终于将相关设施修缮完毕，从此，广州城基本告别了内涝给千家万户带来的不便和损失。
这些排水设施及配套工程主要是两个方面组成。
一是兴建了东西两城，二是开挖了六条排水、防洪，兼可防火、通航的大水渠，即“六脉渠”。
尤其是六脉渠与护城河的巧妙连接，从根本上解除了绝大部分形成内涝的隐患。
每到雨季，城内雨水、污水由街道小沟流入六条干渠，然后排出河涌，城外的则排出护城濠，再流入珠江，从而使城内再无水患之忧。